La tradición sitúa en el año 1283, cuando se le apareció la Virgen al pastor Marcén con el ruego de que le construyera una iglesia. El nombre de Magallón, procede de la localidad de donde vino la Virgen. De Magallón, cercana al Moncayo, al Santuario hay 80 kilómetros. Se inicio la primera ermita que, con el transcurrir de los siglos, acabaría convirtiéndose en un gran Santuario. (La leyenda)
En la edad Media, se construyeron los oratorios o eremitorios en la ruta del Camino de Santiago (Manuel Benito) enlazando con el Valle del Ebro por lo que hoy es la comarca de la Ribera Baja. El siglo XVIII, es el momento de máximo esplendor del Santuario, son 23 pueblos los que realizan peregrinación al Santuario.